سری دوم انیمه Sidonia no Kishi ، هزار سال از زمانی که گائونا ها , یک نژاد عجیب فضایی که هیچ گونه روش ارتباطی هم ندارن , منظومه شمسی رو نابود کردن می گذره . بخشی از بشریت تونست با “کشتی های ذره ای” مثل سیدونیا فرار کنن ,که بهشون اجازه داد جمعیت رو درحالی که توی فضا می چرخن کنترل کنن. ناگاته تانیکازه یه مرد جوونِ که در اعماق کشتی بزرگ شده. .وقتی که به تمرین برای هدایت و روندن اسلحه های روباتیک و بزرگ به نام گاردس میره , بهش مسئولیت هدایت واحدی به نام سوگوموری رو میدن. ناگاته و همراهاش از زندگیشون برای مقابله با گائونا ها در جنگی تمام عیار برای زنده موندن بشریت مایه میذارن.