خلاصه انیمیشن داستان در دو جهان متفاوت ولی موازی با هم اتفاق می افتد ، آلمان معاصر قبل از جنگ و دنیای معاصر بنام “شامبالا” که اعضای حزب نازی آلمان در فکر باز کردن دروازه “شامبالا” و عبور از آن هستند . مونیخ ، آلمان سال 1923 ، دو سال از زمانی که “آلفونس” از دنیای خودش به یک دنیای دیگه کشیده شده ، گذشته است ، از کشور خودش ، از دوستانش و از برادر کوچیکش آلفونس” جدا شده است و محروم از قدرت کیمیاگری خودمی باشد. او در تمام این مدت به مرد جوانی به نام “آلفونس هیدریچ” که بسیار شبیه برادر خودش می باشد ، کمک می کرده __ “آلفونس هیدریچ” مهندس جوانی است که در مورد پرتاب موشک ، تحقیق می کرده __ تا شاید روزی ، راهی برای بازگشت به خانه پیدا کند ، اگرچه تا حالا تمام تلاش های اون بی ثمر بوده است. داستان از آن جایی آغاز میشود که ” ادوارد” و “آلفونس هیدریچ” در مسیر بازگشت با یه سری رقاصه و یه دختر کولیِ پیشگو به نام “نوا” آشنا میشوند . در این دنیا کولی ها جایی در بین مردم ندارند و مردم آنها را یه مشت دزد ، تلقی می کنند . از طرف دیگر سازمانی به نام “تیول” به سرکردگی زن جوانی به نام “ایکارت” و کمک دستش ژنرال “هاوشهوفر” که از طرف حزب نازی ها حمایت میشوند ، قصد دارند ، دروازه “شامبالا” رو باز کنند ( همان کشوری که زادگاه “آلفونس” و “الریک” می باشد) ،آنهااعتقاد دارند ، این کشور یعنی “شامبالا” ، یه کشور آرمانی است و در آن رنج و مصیبت و نفرت ، جایی ندارد و مردم در این کشور می توانند تا ابد در صلح و امنیت زندگی کنند… … اما غافل از اینکه این سازمان ، اهداف شومی دیگری برای خود دارد ، آنها می خواهند از دنیای دیگری ( همون “شامبالا” ) ارتش و سلاح بیاورند و یک جنگ اساسی راه بیندازند و در نهایت بر کل جهان ، حکومت کنند ، به همین منظور قصد دارند از قدرت پیشگوییه، “نوا” همان دختره کولی ، و پدر “آلفونس و الریک” ، جناب آقای “هوهنهایم” و از تخصص فنی “آلفونس هیدریچ” برای مقاصد شوم خودشان ، سو استفاده کنند. اما “ادوارد ” و “آلفونس هیدریچ” در این دنیا و “آلفونس” و دوستانش در دنیای شامبالا ، تمام تلاش خود را برای متوقف کردن آنها انجام میدهند .