چهارده سال پس از ضربه سوم، زمین به یک ویرانه پسا آخرالزمانی تبدیل شده. تمدن ملت ها جز ویرانه نیست و مردمی که شینجی ایکاری میشناسد تقریباً غیرقابل شناسایی هستند. او که درون واحد Evangelion Unit-01 به دام افتاده، توسط آسکا لانگلی شیکینامی و ماری ایلوستریوس ماکینامی از فضا نجات پیدا میکند. اما خود را اسیر ویله میبیند که یک گروه نظامی است.
متحدان سابق او با سردی و تلخی به او نگاه میکنند و از حمایت او در حالی که او با عواقب اعمالش کنار میآید، خودداری میکنند. شینجی آزاردیده و گیج توسط ری آیانامی از ویله نجات پیدا میکند و به مقر نِرو برگردانده میشود. در آنجا با کاورو ناگیسا فردی مرموز، آشنا میشود و به سرعت با او دوست میشود. کاورو گرمی و بینشی در مورد وضعیت جنگ نِرو با فرشتگان به او ارائه میدهد.
اما زمان آرامش کوتاه شینجی و کاورو درست در آستانه نبردی جدید است، نبردی که در آن شینجی متوجه میشود دشمنانش دیگر فرشتگان نیستند، بلکه همرزمان سابقش هستند. شینجی در این رویارویی تلخ برای تعیین سرنوشت جهان، به طور مستقیم خواهد فهمید که گذشته قابل جبران نیست.
اقتباس اولیهی نئون جنسیس اونگلیون به خاطر خط داستانی غیرمتعارف، پیچیدگیهای گستردهی دراماتیک و پایانبندی مبهم و غیرقابل توصیفش بدنام بود. مجموعه فیلمهای چهارگانهی بازسازیِ اونگلیون با هدف ارائهی نسخهای درخور از سریال اصلی تولید شدند.
فیلم پر از صحنههای اکشن است و بخش سوم، شروع و ادامه قدرتمندی دارد. سکانس آغازین تنها چاشنی از نبردهای نفس گیری است که در طول فیلم به نمایش گذاشته میشود. در این قسمت مجموعهای کاملاً جدید از واحدهای EVA برای هر یک از خلبانان جوان معرفی شده است. بر خلاف درگیریهای گذشته، نبردهایی که اکنون در جریان است، صرفاً بین انسانها و فرشتگان نیست. متحدین تغییر کرده و حالا سازمان ضد Nerv به فرماندهی میساتو کاتسوراگی، با نیروی دریایی پرچم دارشان به نام «AAA ووندر» که قدرتی دیوانهوار برای کشتن هرکسی را دارد، جنگی وحشیانه را علیه Nerv آغاز میکند.
این فیلم بهعنوان یک سفر روانشناختی انیمهای، بار دیگر مستقیماً به تیمارستان روانی بازمیگردد، اما بر خلاف اقتباس اصلی، موفق میشود تا حدودی قابل درک برای انسانهای عادی باقی بماند. فضایی تاریک به خود میگیرد و هالهای ناخودآگاه از رمز و راز را حفظ میکند که تماشاگران را در بیخبری نگه میدارد. جزئیات زیادی در مورد اتفاقاتی که در طول چهارده سال رخ داده است، برای بخش اعظم فیلم به دقت مخفی نگه داشته.